南京航空航天大学自动化学院前身——航空仪表制造、飞机电气设备安装与测试两个专科成立于1952年，发展至今已成为一个在控制科学与工程、电气工程、仪器科学与技术、生物医学工程、武器系统与运用工程等领域具有广泛影响、多学科的教学、科研群体。2000年10月20日新成立的自动化学院是全院教职工经过艰苦奋斗和开拓发展的一个新的里程碑。学院下属四系一所两中心：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系、飞行控制研究所以及电子教学中心、电工教学中心。中国工程院院士冯培德教授为我院名誉院长。

经过多年的建设和发展，学院现拥有3个博士后流动站,3个一级博士学位授予权学科（含11个二级博士学位点），15个硕士学位授予权学科，5个本科专业。2个国家重点（培育）学科，3个“十二五”一级江苏省重点学科，2个江苏高校优势一级学科，2个国防重点学科。拥有1个国家级高等学校优秀教学团队，1个国防科工局国防科技创新团队，2个江苏省高等学校优秀科技创新团队。现建有1个部级航空科技重点实验室，2个教育部工程研究中心，1个江苏省实验教学示范中心，联合建设了1个国家级教学基地和1个国家级实验教学示范中心。

自动化学院师资力量雄厚，已经形成一支结构合理、团结奋进、富于开拓创新精神的高水平学术梯队。近年来，教学和科研硕果累累，每年承担国家863、973项目、国家 自然科学基金、国防预研项目、航空基金、博士点基金以及省部委下达项目、横向合作项目和各类攻关项目几十项，近两年的年科研经费到款超过8000万元。目前已形成若干有特色、处于国内领先地位或具有国际水平的研究领域，多次获得国家级、省部级教学成果和科研成果奖，在国内航空航天界同行中获得很好的声望。

学院十分重视学术交流和国际合作。1981年以来，陆续向国外派出访问学者或留学人员200余人次，许多留学人员已学成回国，成为科研教学的骨干力量。学院主办过多次国际和国内学术会议，邀请外国专家、教授来校讲学，并且与多所国外大学建立了富有成效的合作关系。

学院现有在校学生3468多人。59年来，学院已培养一万多名本科生和千名研究生，他们中有的已经成为院士、学科带头人、国内外知名专家，有的成为企业或科研院所的技术骨干，为我国的国民经济与国防建设做出了重要的贡献。